Në vitin e trazuar 2013 për Real Madridin, Pepe ishte një nga lojtarët që ngriti zërin më shumë për të mbrojtur Iker Casillas në përballjen e portierit me Mourinho. Një episod shumë famëkeq ishte ai, kur mbrojtësi iu kundërvu trajnerit, pasi ai tha se ishte penduar që nuk nënshkroi më parë me Diego López: “Duhet të keni pak respekt për Iker. Deklaratat e trajnerit nuk kanë qenë më të përshtatshmet”, – deklaroi Pepe pas një ndeshjeje kundër Valladolid.
Në një intervistë të fundit, lojtari i Portos është pyetur për atë moment dhe ato fjalë, duke shpjeguar se nuk ka asnjë problem me Mourinho dhe se foli me të pas kësaj: “Dua të sqaroj se në atë kohë nuk dola kundër trajnerit tim. Thjesht i kërkova më tepër respekt për një shok të skuadrës. Unë isha shumë i qartë për këtë. Iker ka një histori unike te Real Madridi, ai ka fituar edhe Kupën e Botës dhe Kampionatin Europian. Ishte kapiten i Real Madridit dhe i kombëtares, nuk e kuptin pse u kritikua kaq shumë… Thjesht doja të mbroja shokun tim të skuadrës”, – tha Pepe në një intervistë për “NOVO”.
