Për Kishën Orthodhokse Autoqefale të Shqipërisë, kthimi i Shën Sofisë në xhami është mëkat dhe gabim.
Kryepeshkopi Anastas Janullatos ka reaguar në lidhje me vendimin e gjykatës së Lartë turke Turqisë për të kthyer në xhami Kishën e Shën Sofisë.
“Ky vendim bën pjesë në ato veprime tragjike, të cilat minojnë shpresën më të madhe të epokës sonë, që është bashkekzistenca e feve dhe qytetërimeve. Ky vendim na kthen pas, në aspekte të errëta të historisë. Një vend si Turqia, që dëshiron të jetë pararojë, zgjedh rolin e praparojës së vonuar kulturore. Është mëkat edhe gabim kur vaji i fesë përdoret për të ndezur dhe për t’i shërbyer qëllimeve nacionaliste. Qëllimi fisnik i fesë është të qetësojë plagët dhe të paqësojë shpirtrat e njerëzve”, shprehet kryepeshkopi Anastas.
Shtetet e Bashkuara, Greqia dhe udhëheqësit e kishave janë shprehur të shqetësuar mbi ndryshimin e statusit të ndërtesës që daton shekullin e 6-të, të kthyer në një muze në ditët e para të shtetit laik modern turk, nën udhëheqjen e Mustafa Kemal Ataturkut.
